En 1817 fué ahorcado el Gran Maestre Gomes Freire de Andrade y en aquel mismo año fué prohibida la Masonería en Portugal. Al igual que en España, se produjo un movimiento liberal en 1820 que hizo posible el regreso de los masones exiliados, siendo elegido Gran Maestre Cunha Soto-Maior en 1820 y Silva Carvalho, en 1823, bajo la corona de Juan VI , retornado del Brasil e instalado en el trono por los liberales. Ello permitió reagruparse a los masones, que dieron a la Gran Logia el nuevo nombre de Gran Oriente Lusitano, adoptando el Rito Francés. Sin embargo, duró poco la buena voluntad de D.Juan y aún fueron peor las cosas con su sucesor, Miguel I, debiendo entonces exiliarse de nuevo numerosos masones portugueses, hasta que la revolución de 1833 colocó en el trono a D. Pedro I, tambien retornado del Brasil, donde, en su día, había buscado refugio la familia real durante la ocupación napoleónica. D.Pedro había recibido la iniciación masónica en Rio de Janeiro, en 1822.
Durante el reinado de D.Pedro no sufrió persecución la Masonería en Portugal, aunque el regreso de los nuevos exiliados creó una situación confusa, ya que la Masonería interior y la del exilio no siempre habían actuado coordinadamente. El Supremo Consejo del Rito Escocés Antiguo y Aceptado fué fundado en 1842.
Sin embargo, los desacuerdos fragmentadores duraron hasta 1869, en que, como había ocurrido en España, se llegó a una situación política más favorecedora de las libertades. Las varias formaciones masónicas que habían surgido entre 1834 y 1869 se fusionaron, formándose el Gran Oriente Lusitano Unido con las dieciocho logias activas existentes entonces. Algo después, el Gran Oriente Lusitano extendió su jurisdicción territorial a España, donde un número importante de Logias (muchas, andaluzas) trabajaron bajo sus auspicios hasta que, unidas, pasaron a formar luego la primera Gran Logia Simbólica Española.
Miembros del Gran Oriente Lusitano desempeñaron importantes papeles en pro de la democratización y laicización de la sociedad portuguesa (Liga Nacional de Instrucción, Academia de Ciencias Libres, etc.), apoyando ciudadanamente el advenimiento de la República, en 1910, cuando la Obediencia contaba ya con más de 100 logias.
La dictadura de Oliveira Salazar prohibió la Masonería en Portugal mediante su ley de 1935, a semejanza de lo que habían hecho las dictaduras italiana y alemana y haría la española, desde 1936 (las dictaduras comunistas hicieron lo mismo). Sin embargo, y afortunadamente, la persecución de los masones no alcanzó nunca en Portugal las dimensiones que tuvo en España. El Gran Oriente Lusitano Unido fué recreado en 1974, a la caída de Salazar, recuperando su sede tradicional de la lisboeta rua do Grémio.
A partir de 1984, varias logias inician un movimiento de aproximación a la Masonería anglosajona y a sus criterios de “regularidad”, surgiendo en 1990 una Gran Logia Regular de Portugal , que fué inmediatamente “reconocida” por las Obediencias masónicas de escuela anglosajona y que había de tener azarosa vida. En efecto, durante esa década se escindió la nueva entidad, dando paso a una Gran Logia Legal de Portugal y creando una importante confusión jurisdiccional (sobre todo, para la Gran Logia Unida de Inglaterra).
